Charles não ignorou exatamente Eric. Spoilers maiores que os da pergunta abaixo.
Quando Charles procurou Eric telepaticamente, ele viu em sua mente e sentiu a dor e dor dentro dele. Eu acreditava que Charles tolerava o fato de que Eric matou aqueles homens mesmo que ele não os aprovasse - afinal, ele sabia que Eric era apenas humano e o que é feito não pode ser desfeito. Essa questão não é algo que Charles pretendia debater e aprofundar, não quando ele também pudesse sentir como a miséria e o desespero de Eric estão começando a colocá-lo de volta no caminho que ele percorreu como Magneto. Charles não ignorou Eric aqui, ele tentou dissuadi-lo, mas sem sucesso.
Da próxima vez que Charles foi capaz de interagir com Eric, ele foi capturado por Apocalipse. Incapaz de lidar com Apocalipse no momento, Charles se virou para Eric e tentou dissuadi-lo desse caminho novamente, ainda sem sucesso. Posteriormente, eles foram separados, com Apocalypse levando Charles embora enquanto Magneto foi incumbido de sua tarefa de começar a destruir o mundo.
No momento em que Charles foi libertado (mas não antes de perder o cabelo durante a crise), ele não podia mais se dar ao luxo de lidar com Eric. Ele percebeu agora que derrotar o Apocalipse deve ter absoluta prioridade sobre tudo o mais - a cabeça da cobra deve ser cortada em primeiro lugar. Só depois ele pode se dar ao luxo de virar e lidar com Magneto, se este último persistir em seu curso para destruir todos os tipos de trouxas até aquele ponto no tempo.