Provavelmente não fará uma grande diferença, mas como a marinada é o principal ingrediente da superfície da comida com a qual ela entra em contato, isso pode afetar por quanto tempo você vai querer ficar marinado.
Se você amaciar primeiro, a marinada funcionará nos pequenos orifícios e cortes que o amaciamento criará. Isso significa mais do sabor da marinada. E, se usar uma marinada com alto teor de ácido ou contendo frutas cujas enzimas quebram as proteínas da carne (como a manga, eu acredito), qualquer efeito adicional de amaciamento será reforçado por um maior contato superficial. Assim, você pode marinar por um curto período de tempo.
Este efeito pode ser indesejável se você estiver marinando por um longo período de tempo (ou seja, durante a noite). Mas não há regra dura.