Os limites de tempo de pré-voo baseiam-se sempre no horário de partida originalmente agendado , incluindo check-in e chegam ao portão vezes. O fato de que um voo está atrasado não renuncia a essas condições de tempo, principalmente porque a companhia aérea fará o possível para que o voo parta o mais próximo possível da partida programada.
Parece que seu filho cometeu o erro de assumir que ele poderia fazer o que quiser durante o atraso. Isso nunca é uma boa ideia, porque os tempos de partida revisados são "estimados" e podem acontecer mais cedo do que o publicado.
Não há realmente outro recurso além de escrever uma mensagem educada, explicando o que ocorreu e pedindo sua ajuda. Talvez você tenha um ouvido simpático, talvez não. Mas parece que a companhia aérea não fez nada errado com base nos termos do seu contrato com eles.