Sim, claro que existem.
A necessidade de excretar detritos não foi geneticamente modificada para fora dos humanos (e outras espécies membros da Federação) no século 23.
Não há referências explícitas nos programas, embora o Enterprise-D tenha uma porta rotulada como "HEAD" na Bridge, e havia referências verbais na Voyager para essas salas.
No DS9, Bashir afirmou que era "melhor não pensar muito" sobre como a extração de resíduos funcionava. Rom trabalhou nas instalações de extração de resíduos da estação mais de uma vez.