Você deve entrar no espaço Schengen e obter um carimbo de entrada em Munique. Nunca tive a oportunidade de me conectar em Munique, mas os voos Schengen normalmente partem de outra área no aeroporto e não estão sujeitos a nenhuma verificação sistemática de passaporte na chegada, daí a necessidade de um controle de fronteira no primeiro aeroporto no espaço Schengen. É também por isso que "privilégios de trânsito" não se aplicam ao transitar por dois aeroportos no espaço Schengen.