A questão é saber se a Singapore Airlines é capaz de verificar suas malas apesar dos dois ingressos separados. Eles não são obrigados a fazê-lo de acordo com as regras da Star Alliance, mas
Se eles não puderem despachar suas malas, você terá que passar pela imigração em Munique, buscá-los em uma esteira de bagagens, levá-los pela alfândega, fazer o check-in no balcão e depois passar pela segurança do aeroporto. Isso não deve ser um problema enorme, pois você tem um bom tempo se o seu vôo não for significativamente atrasado. Para este itinerário, você terá que passar pela imigração de Schengen e pela segurança do aeroporto em Munique, se precisar verificar novamente as malas ou não, de modo que estas são basicamente etapas que você estaria fazendo de qualquer maneira, não apenas na área de trânsito; os únicos passos adicionais são a parada na área de retirada de bagagens e o balcão, além dos passeios intermediários.