A frase significa conjurar uma mágica do item
This effect applies whether you are using the instrument as the source of the spell or as a spell casting focus.
Usar um item como fonte de uma magia pode realmente significar usar o item como uma varinha ou varinha que contenha uma mágica. Simplesmente não há outro significado mecânico que possa ter. Nenhuma outra regra ou mecânica permite a conjuração do item de uma forma que não envolva o uso do item como um foco arcano ou a conjuração de uma mágica contida no item (usando o item como fonte de uma magia).
O Doss Lute pode lançar um feitiço que cause a condição encantada
Você não está totalmente correto quando diz "nenhum deles tem feitiços que encantam". O Doss Lute tem o feitiço amizade animal que diz:
...the beast must succeed on a Wisdom saving throw or be charmed by you for the spell's duration.
Mas esse é realmente o único feitiço que causa a condição encantada de todos os instrumentos dos bardos.
Na verdade, o único outro período de magia que tem um efeito de charme e um componente material é padrão hipnótico . 1
Por que os designers fizeram isso dessa maneira, só podemos especular. Parece provável que foi um descuido e que os itens tinham a intenção de lançar mais encantamentos em um ponto do desenvolvimento. Ou pode ser apenas uma prova futura de outros instrumentos a serem adicionados posteriormente (potencialmente com mais magias que causam a condição encantada).
1 - Veja Que feitiços um Instrumento dos Bardos pode realmente colocar em desvantagem? para mais informações sobre este assunto.