Se tudo o que você está tentando fazer é derreter, então não há estrutura que você possa atrapalhar. O único dano que você pode causar é queimar ou queimar manchas, o que pode acontecer se o micro-ondas estiver irregular e você aquecer rápido demais sem mexer. Mas por outro lado, o microondas é uma ótima maneira de derreter o chocolate. Abra e mexa de vez em quando, tome cuidado para não superaquecer (parece que você é), e você ficará bem!