Sim, os navios são capazes de velocidades significativamente acima da velocidade da luz. A partir dos indícios do filme isto é bastante claro, e. do diálogo Alien:
DALLAS: How far to Earth.
LAMBERT: Ten months.
Depois, na reunião, eles têm:
DALLAS: Well, some of you may have figured out we're not home yet. We're only halfway there.
Assim, a jornada que eles estão fazendo deverá durar 20 meses. Uma jornada entre estrelas abaixo da velocidade da luz seria anos, décadas ou até mais. Este não é o seu 'horário local' devido a algum efeito relativístico de ir a altas velocidades sub-luz, como Ellen Ripley é Chocado quando ela descobre que ela dormiu por mais de 50 anos entre Alien e Aliens, e que sua filha tinha envelhecido e morrido.
Em Aliens o Sulaco é despachado LV-426 para investigar por que os colonos pararam de se comunicar. É claro que é para investigar e potencialmente resgatá-los ("é uma caça aos insetos") e eles encontram colonos encapsulados, então é claro que este é um navio militar razoavelmente rápido.
Não sei de onde vem a informação, mas o Wiki do Alien v Preditor afirma que a velocidade do Nostromo é de 0,12 anos-luz por dia com sua carga.
Quanto à questão dos navios automatizados serem superiores para viagens longas - isso pode ser verdade, exceto que as pessoas são mais solucionadoras de problemas adaptáveis e criativas - e colocar sua confiança nas pessoas quando você transporta enormes quantidades de (presumivelmente caras) minério mineral pode ser visto como um bom investimento, mesmo que eles precisem de mais infraestrutura para mantê-los vivos do que a automação ou os andróides.