Há razões políticas por trás disso e acredito que este não é o site apropriado para discutir isso.
De qualquer forma, você pode encontrar passagens aéreas e ferroviárias mais baratas para a rota BCN-MAD. Tente com Rumbo por exemplo. Este site retorna os preços das linhas aéreas e trens da Renfe. Eu testei para você algumas datas e você pode voar por menos de 30 euros e ir de trem por menos de 40 euros. Por exemplo, em 21 de fevereiro ir por via aérea é de 27 euros (Vueling) e ir de trem é de 32 euros (renfe).
Então, a resposta é: ir de trem de alta velocidade é muito caro, mas trem "lento" tem um preço razoável.