Fazendo algumas pesquisas sobre o resumo da trama em Bulbapedia , a única diferença chave é a sequência de abertura, mostrando as interações de Mewtwo com Giovanni. Pelo que me lembro, estas foram abordadas apenas no anime (se foi ao ar) na América.
A outra diferença que eu encontrei, embora isso possa apenas atribuir a minha memória sendo confusa por não vê-la por um tempo, é que a versão americana não tem a história do Pokémon ressuscitando humanos com suas lágrimas, tornando a cena final com Ash muito mais ... misterioso.