Se você mantiver a tampa, não deve fazer muita diferença na prática.
A coisa a observar é que a maior área de superfície e o fornecimento de calor da panela de 6 qt podem fazer a receita cozinhar um pouco mais rápido do que em uma panela de 4 qt e também secar mais rápido do que deveria (o que é por isso que você precisa da tampa). Basta dar uma olhada em cerca de dois terços do tempo e decidir se você deve adicionar um pouco de água ou não.