TL; DR Você deve estar bem.
Pão de limão, pão de banana, etc são pães rápidos. Eles são feitos usando o "método de muffin". Como você disse, gordura e açúcar são untados, emulsionados com ovo e depois incorporados aos ingredientes secos.
A gordura e o açúcar são desnatados para incorporar o ar que ajudará a definir a textura final. Às vezes a emulsão não se forma corretamente. Como você percebeu, o limão fez com que o batedor se separasse.
Tudo bem. Você pode misturar os ingredientes secos. Eu esperaria que a emulsão quebrada afetaria a textura final - mas as vezes que isso aconteceu comigo eu não notei nenhum problema com o produto final.
Lembre-se de não misturar demais os ingredientes secos e molhados. Você não quer muito glúten nesse tipo de "pão".