Ervas frescas devem, geralmente, ser adicionadas mais perto do final de uma receita. Ervas secas devem ser adicionadas bastante cedo durante o processo de cozimento para que elas tenham tempo de "desenvolver" e liberar mais completamente seus sabores. Ervas e especiarias frescas, no entanto, geralmente têm sabores mais sutis, e geralmente são melhor usadas para temperar no final da receita, em vez de cozinhar de verdade. Você pode conferir mais detalhes sobre como usar diferentes tipos de especiarias em este artigo .
Para o seu caso específico, eu diria para adicionar definitivamente o manjericão no final - talvez cinco ou dez minutos antes do molho terminar, como você disse. Pode até ser uma boa ideia remover o pote da sua fonte de calor depois de adicionar o manjericão para que as ervas possam infundir seu sabor sem realmente cozinhar para o molho. Você tem que ter cuidado para não cozinhar muito do sabor com ervas frescas. Se eles ferverem demais com o restante do prato, os sabores sutis podem ser facilmente dominados por outros ingredientes.