Eu tenho que saber se você está usando um utensílio de madeira para "raspar os restos de carne". Se assim for, pare de usar madeira. A madeira irá carbonizar e deixar pedaços em seu molho, criando o amargor. Tente desacelerar o processo um pouco e usando menos calor, pelo menos inicialmente como você deglaze a panela. A granulação poderia ser pedaços carbonizados de comida que são queimados antes de serem soltos da superfície da panela; isso também pode explicar os pontos negros.
Cozinhar é amor e o amor não se apressa.
:)