On most airplanes with cellular and Wi-Fi capabilities, the ability to make mobile phone calls is technically disabled and passengers are prohibited from using the Wi-Fi service to make VoIP calls using services like Skype.
Ponto pequeno - o Skype não é VoIP (no sentido técnico). Ele usa seu próprio protocolo proprietário.
Não são as companhias aéreas que proíbem chamadas voip, mas o provedor que está sendo usado e a largura de banda disponível para o voo.
Em algumas áreas, pode ser bloqueado pelo governo. Por exemplo, na Arábia Saudita - o WhatsApp (voz) está bloqueado, a chamada do facebook não funciona. Nos Emirados Árabes Unidos, o Skype também é regulamentado.
Agora, por que as companhias aéreas fornecem telefones - isso acontece porque eles estão instalados nos assentos, e é muito raro que uma companhia aérea substitua os assentos de um avião (é uma atualização significativa) e é mais barato instalar o wifi e conectividade celular. Então, se você está sentado em um avião com um fone de ouvido tradicional, é provável que seja uma aeronave antiga.
A maioria dos assentos modernos da aeronave evita o telefone em favor da microcélula a bordo (uma mini torre celular) no avião e WiFi.
A tripulação de cabine tem a capacidade de ligar e desligar o serviço de Wi-Fi e celular. Geralmente é desligado durante as fases críticas do vôo.
Praticamente falando, eu usei o WhatsApp de voz (que é mais parecido com o Skype do que um aplicativo VoIP tradicional) a bordo do A380 da Emirates sem problemas - embora tenha demorado um pouco para o dispositivo fazer login no Wi-Fi após a conexão inicial.O serviço celular a bordo (o novo) é faturado pela sua operadora como roaming internacional. O serviço de chamadas mais antigo (no qual você costumava passar seu cartão de crédito no fone de ouvido) é cobrado a um prêmio pelo provedor de serviços para esse serviço.