Neste cenário, ser removido da realidade não o limpa da existência, apenas o te puxa para fora do Universo, como se você nunca tivesse existido. Mas todos os eventos que você fez, tudo em que você esteve envolvido aconteceu, mas apenas sem você. Isso, é claro, não faz sentido em si, mas explica como você pode simplesmente trazer alguém de volta apenas lembrando-se.
Se realmente o limpasse da existência, como se você nunca tivesse existido, toda a decisão em que você estava envolvido seria reescrita também, fazendo uma realidade totalmente diferente. Pense nisso desta maneira, como Amelia estaria viva se seus pais nunca existissem?
Então, embora The Doctor tenha sido retirado da realidade, todos os seus feitos permaneceram.