Acho que isso pode ser Star Rebel por F. M.Busby .
Não é uma combinação perfeita, mas contém os elementos que você mencionou. O protagonista é Bran Tregare. Ele é enviado para a Space Academy , que é notoriamente brutal e também chamado The Slaughterhouse . Entre as punições está correr o desafio enquanto é atingido por cintos, e vários dos cadetes têm cicatrizes faciais devido a isso, embora eu não ache que Bran tenha.
O brutal capitão é Arger Korbeith, também conhecido como The Butcher . Quando Bran e outros novos recrutas chegam primeiro ao navio, Korbeith seleciona uma mulher chamada Megan Delange e ela é expulsa da câmara sem nenhuma outra razão aparente além de assustar os outros novos recrutas.