tl: dr: globalmente, a destruição sistêmica de qualquer prova que reconheça a existência de Chaos, Ordo Malleus e os Grey Knights é aplicada. Mas por uma questão de "cool", é negligenciado por alguns autores.
Resposta mais longa:
Depende da sua referência.
De acordo com os primeiros livros descrevendo o Warhammer 40k Universe, Rogue Trader e Realm of Chaos, qualquer encontro com um Demon ou qualquer força da Warp tem que ser limpo pela Inquisição (especificamente, Ordo Malleus). Os sobreviventes da guerra do Armagedom foram deportados para um campo de trabalho e esterilizados para morrer com seus segredos. E novos colonos foram enviados ao Armaggedon para substituí-los e manter as fábricas funcionando. Quando a deportação não pode ser feita corretamente, o inquisidor pode usar o Exterminatus para eliminar diretamente a população. Geralmente é uma bomba bacteriana, matando qualquer forma de vida encontrada e se espalhando por toda a superfície. Em alguns casos (um mundo em colmeias ou um mundo com uma atmosfera tóxica onde os habitantes já usariam proteções pesadas), são usadas armas mais convencionais. Quanto aos Space Marines, eles são muito valiosos para serem mortos, então eles foram "simplesmente" limpos e trazidos de volta à batalha depois de algum tempo aprendendo como usar uma colher. Os Cavaleiros Cinzentos também podem intervir para ajudar na purificação.
E como o Ordo Malleus e os Cavaleiros Cinzentos também são a prova de que o Caos existe, sua existência também deve permanecer em segredo.
Em qualquer caso, nos primeiros livros, qualquer contato com um demônio tem que ser limpo pela Inquisição, especificamente pelo Ordo Malleus (o único chamado Ordo nesses livros).
Naquela época, o Adeptus Sororitas não existia, mas podemos supor que eles compartilhariam o destino dos Space Marines. Mente esfregada e reeducação. Isso explicaria por que, no livro que você cita, uma irmã tem algumas lembranças quando vê os Cavaleiros Cinzentos.
Mas o Inquisidor adicionou múltiplas facções aos inquisidores, os exércitos do Caos tornaram-se muito populares entre os jogadores, os Cavaleiros Cinzentos também, e os romances se multiplicaram. E o Caos se tornou um "inimigo comum". Por causa de histórias e campanhas, o apagamento sistêmico de qualquer sobrevivente após um surto caótico tende a ser negligenciado. Isso pode ser explicado pelo fato de que o cenário atual é sempre contado de um ponto de vista específico. Então talvez o inquisidor mais próximo tenha sido surpreendentemente compreensivo, e decidiu poupar os sobreviventes, ou pior ainda, para glorificar os "heróis". Talvez não houvesse inquisidor no setor. ou talvez a punição esteja a caminho ...
Até onde sei, o antigo histórico ainda é aplicado, até que fontes oficiais digam o contrário. Então, como regra geral, a punição é usada. Agora, a Galáxia é vasta, e cada inquisidor pode decidir sobre sua própria regra ... (mesmo que isso possa trazer algumas preocupações de seus pares, se eles descobrirem)
Os romances da Biblioteca Negra não são considerados "canônicos". Apenas as histórias publicadas no Codex, no livro de regras, e no White Dwarf, são materiais escritos por escritores da GW e são oficiais. Agora, acontece que alguns elementos do BL, videogames ou do RPG, se tornam oficiais. Mas a maioria dos romances está representando uma interpretação do Universo, por seu escritor.