USS teve vários significados.
De um artigo sobre TheGeekTwins explorando a mesma pergunta:
In three episodes of the original series it was called by the name "United Star Ship." In the "The Cage," the Enterprise is refered to as the "United Space Ship Enterprise." Captain Kirk also used the term in "Elaan of Troyius" and Dr. McCoy did in the episode "Space Seed."
To confuse you even more, in the UK comic series it's known as "Universe Star Ship."
"United (Federação) Star Ship" é a definição mais comum que você costuma ver citada por outras fontes, ligando a designação à Federação dos Planetas Unidos, no entanto, como apontado por um pesquisador, a Federação dos Planetas Unidos não existia no momento em que o USS Enterprise NX-01 foi encomendado pela primeira vez.
OISS não parece ter um cânone explícito e de alto nível para apoiar sua definição, no entanto, no jogo Comando da Frota Estelar (e suas seqüências), bem como em "The Mirror Universe Saga" (DC Jornada em quadrinhos de Star Trek, 1984-85), navios com esse apelido compõem a frota imperial e, portanto, carrega uma strong indicação de que significa "nave estelar imperial".