Com uma licença dos EUA, você tem permissão para voar em aviões registrados nos Estados Unidos (n-registrados) em qualquer lugar do mundo. Encontre um CFI dos EUA (no Japão) que possa ajudá-lo a começar a voar.
O maior problema pode ser encontrar um médico legista no Japão que possa fazer exames médicos no Japão. Minha primeira pesquisa, no site da FAA ( link ), não mostrou nada.
Não tenho certeza se o BasicMed funciona para você.