Você deve preencher água suficiente para aquecer bem o leite, mas não para enchê-lo - você precisa de um pouco de espaço para o vapor se acumular, para que o apito funcione. Encha-o a uma altura em algum lugar entre a altura do leite e a altura do apito, mas você não precisa ser exato.
Quando o apito tocar, a água estará fervendo a 100 graus Celsius. O aço do vaso interno é bastante eficiente na condução desse calor, de modo que o leite estará próximo de 100 graus Celsius, mas não a 100 (é por isso que ele não transborda). Eu não sei a temperatura exata e não tenho tabelas para tempos de pasteurização nesta faixa, então, neste caso, você tem que confiar que o fabricante verificou essas tabelas, testou o produto e garantiu que o leite é seguro a temperatura alcançada em sua panela.