Essa bolha não faz diferença alguma para o tempo de cozimento. O ar não está tocando a comida. É praticamente o mesmo que se você tivesse um pequeno saco de ar preso a uma bolsa totalmente lacrada.
Como você já viu em outras questões, a vedação a vácuo versus uma boa vedação sem vácuo não faz nenhuma diferença. A citação sobre o excesso de ar e oxidação estava se referindo ao armazenamento e marinação (presumivelmente com o ar em contato com a comida) e menciona o deslocamento da água como um método que evita essas questões, portanto não se aplica aqui.
Suponho que, teoricamente, poderia haver um problema de bactérias, mas não seria contaminação e não seria realmente devido ao ar também. Pode haver bactérias no saco com ou sem ar - na verdade, provavelmente a maior parte é na carne. A questão é que a bolsa não está totalmente imersa, e a parte da bolsa acima da água não está na mesma temperatura, então enquanto você está cozinhando a carne a uma temperatura / tempo segura, as bactérias podem ser capazes de crescer na temperatura mais baixa. Mas a solução é apenas garantir que a bolsa esteja submersa, com ou sem uma pequena bolha.
Cortar um buraco para deixar escapar o ar não faz muito sentido para mim. Se o buraco estiver acima do nível da água, o ar não vai escapar, você terá apenas uma bolsa ligeiramente aberta. Se estiver abaixo do nível da água, a água entrará. Se você realmente quiser tentar extrair mais ar, apenas refaça o método de deslocamento de água: abra o canto superior do saco, puxe-o para baixo para permitir que a água empurre o ar para fora. topo e feche novamente.