Fora de fase, do ponto de vista da física, significa que você tem duas ondas que não estão sincronizadas:
No áudio, isso causa um efeito estranho, porque o som que sai do alto-falante direito chega a você em um tempo ligeiramente diferente do que o som que sai do alto-falante esquerdo. Então, quando você considera o fato de que o som é uma onda, a pressão pode interferir um no outro, causando todos os tipos de outros fenômenos.
Na resposta de Donald.McLean, ele citou isto:
Geordi: Well, whatever or whoever is there, we're out of phase with it. But we're only talking by a fraction of a second.
Warf: A fraction of a second would make them invisible?
Geordi: A millisecond, a year -- it wouldn't make any difference. If what we're reading is true, then we're occupying the same space but in a different time.
Aplicando essa ideia de estar fora de fase, parece que em Star Trek time é uma forma de onda. E, neste caso em particular, a Enterprise e sua equipe estavam fora de fase com essas outras pessoas. Se você tratar o eixo Y do gráfico acima como uma coordenada no espaço 3-d, e o eixo X como tempo, se a linha azul é a Enterprise e a linha vermelha é a outra parte, você pode ver que, além da linha dois pontos de interseção, eles sempre ocupariam um tempo diferente quando estão no mesmo espaço.
Isso realmente me lembra de um episódio interessante em que a Enterprise e sua equipe estavam sendo sugadas para essa coisa de wormhole, e Deanna Troy estava tendo problemas.
Como aconteceu
They were actually trapped by 2-dimensional beings that were trying to get "home". Turned out that all they had to do was either dive or raise and they were able to escape. They just happened to be on the same 2-d plane as the beings.