Patógenos estão em toda parte no ambiente - no campo onde a fruta cresce, na cadeia de suprimentos e na sua própria cozinha. A única coisa que o artigo vinculado diz é que, quando o solo está contaminado, as bactérias patogênicas para o homem não viajam pelas raízes até o fruto. Mas você ainda tem patógenos na superfície. Além disso, você parece estar jogando patógenos de plantas e patógenos humanos no mesmo balde.
Uma planta inteira geralmente tem mecanismos de defesa suficientes para impedir que as bactérias a consumam. Mas uma fruta colhida, mesmo que ainda viva, não é uma planta inteira. Seu metabolismo fica desordenado com o tempo e suas defesas fracassam. Além disso, seu tecido pode amolecer e suas paredes celulares podem falhar. As bactérias que estão na superfície, ou entraram por locais de dano mecânico, começam a ganhar a vantagem. Ou se não as bactérias, então o mofo ou o vírus também podem começar a se alimentar da fruta.
Em suma, a fruta não é estéril, nem é infinitamente protegida contra a decadência.