Tudo depende do seu ingresso e se é um único ingresso / reserva ou não.
Se você tiver um bilhete para a coisa toda, então ao chegar a Amsterdã, você passará pela Imigração e entrará no espaço Schengen. Suas malas terão sido verificadas até o final (verifique suas etiquetas de bagagem no check-in para garantir que elas foram entregues!) E elas serão transferidas para você. Na chegada a Berlim, você irá recolher suas malas e passar pela alfândega com elas. Você precisará seguir o canal Verde (nada a declarar) ou Vermelho (mercadorias a declarar) conforme apropriado. (Eles não terão a borda verde em suas etiquetas de bagagem que as bolsas intra-UE recebem). Em aeroportos muito pequenos, pode não haver um canal vermelho tripulado, caso em que você precisaria telefonar para a alfândega se tivesse algo a declarar.
Se você tiver um bilhete do Canadá para Amsterdã, depois outro diferente de Amsterdã para Berlim, precisará liberar a Imigração em Amsterdã (entrar no espaço Schengen), depois retirar suas malas. Você e suas malas passarão pela alfândega, seguindo (quase) as mesmas regras como você faria em Berlim . Você então vai para o balcão de check-in da sua nova companhia aérea e verifica suas malas de volta. Suas malas receberão novas etiquetas de bagagem, incluindo a faixa intra-UE verde no final. Na chegada a Berlim, você coleta suas malas e também sai pelos canais Verde ou Vermelho, mas desta vez regras tecnicamente mais permissivas se aplicam, já que seu último vôo estava dentro da UE e sua bagagem agora tem listras verdes (claro que não fará diferença para você, a menos que você tenha feito compras enquanto espera em Amsterdã, mas essas são as regras ...).