Primeiro de tudo, o que você está descrevendo não é um verdadeiro circuito de 240VAC. Você está realmente criando dois ramos de 120 volts, não um circuito de 240VAC de uso único. Você não pode proteger pernas opostas de dois ramos de 120vac com um disjuntor de pólo duplo. Você deve usar dois disjuntores de pólo único, um por perna. No seu caso, se as áreas que estão sendo atendidas são pernas de 120vca que requerem AFCI, você deve instalar os disjuntores AFCI de um só polo conforme exigido pelo código.
A regra de 240vac refere-se a circuitos de uso único, como condicionadores de ar, aquecedores, etc., que exigem voltagem de fonte de 240vac.