Não, você não faz. A seção sobre Intimidação no PHB não diz nada sobre a existência de bônus ou penalidades com base no tamanho relativo. É totalmente dependente de sua pontuação de Carisma, bônus de proficiência e quaisquer recursos adicionais que você tenha aprendido para aumentar suas habilidades de intimidação.
É claro que o Mestre ainda tem a liberdade de aplicar Desvantagem quando faz sentido, mas o tamanho sozinho provavelmente não deveria ser o fator decisivo ali. Pode fazer sentido para um Gnome ter Desvantagem ao tentar intimidar um Orc a depor os braços num confronto cara a cara quando ambos os lados têm armas prontas e prontas, mas não há razão para acreditar que um Gnomo é menos intimidador do que um Humano quando o mesmo Orc é um prisioneiro amarrado e alguém está ameaçando cortar sua língua.