Parece que você leu qualquer parte da série Spacewhale de histórias de Robert F. Young ou do romance Starfinder (1980) que é aparentemente a mesma série reunida em um volume único.
Você pode ler o primeiro livro da série on-line: o herói se chama Jonathan Sands (perto o suficiente de Jon) e ele acaba engolido por uma gigantesca baleia espacial que tem a capacidade de viajar através do espaço e do tempo. Não consegui encontrar muitos detalhes on-line sobre nenhuma das histórias da série além da primeira - embora tenha notado que uma delas tem o direito Como um homem tem uma baleia: uma história de amor , que poderia ser o que você está procurando - mas eu encontrei esta descrição do romance (ênfase minha):
John Starfinder had hunted the spacewhales as they plunged beneath the surface of the space-Time sea, plummeting into the past & resurfacing light years away, he had killed the whales & made them ready as spaceships. But one day a captive whale spoke to him, begging release, promising power. And in one bold gesture, Starfinder threw over his old life to escape w/the whale. Together they rode the vast expanse of ebony space--to the beginnings of time & back again--until a new call, the love of a dead woman, led him to the most difficult & daring venture of his life--the ultimate challenge of a headlong struggle with death.
Isso DEVE ser o que você está procurando.