O problema não foi tanto que ela ressuscitou ele, como ela fez isso. Ela controlou o próprio tempo e envolveu-o ao redor dele, dando-lhe vida com um poder que ela não entendia. Imagine-o como alguém que tem um membro protético e precisa aprender a controlá-lo. Ela tentou colocar algo (sua vida) suavemente de volta no tempo e, em vez disso, socou violentamente. O tempo ao redor dele solidificou como se fosse aquela pasta que fica sólida com energia cinética.
Ela fez com que sua morte fosse algo que simplesmente não poderia acontecer, envolvendo-o em energia do tempo que impulsiona seu sistema sempre que ele morre, quase como um antivírus procurando um problema com um programa e consertando-o. É claro que, com o passar do tempo, essa energia se desgastaria e acabaria se dissipando, neste caso por sua própria escolha, o que lhe permitiria finalmente morrer. A exposição a viajantes do tempo provavelmente drenaria parte da energia também, assim como o vórtice que ele guardava em Torchwood.
Nunca foi explicado, mas eu gosto de pensar que toda a face de Boe surgiu devido a mutações celulares introduzidas em seu sistema ao longo de milhões de reconstituições ao longo dos anos. Tendo o efeito desligado (como aconteceu no Miracle Day, por exemplo) de vez em quando permitiria que ele sofresse mutação de radiação o suficiente para que, ao longo dos séculos, ele pudesse se tornar como estava quando morreu. Essa é minha opinião pessoal sobre as coisas.