Existem várias razões pelas quais o Doctor decidiria não construir uma Paradox Machine:
Ele não sabe como
A Paradox Machine original foi criada pelo The Master. Não há razão para suspeitar que o Doctor tenha o conhecimento necessário para construir uma Paradox Machine.
Em "A garota que esperou" (S6, E10), o médico diz que ele pode usar o TARDIS para sustentar um paradoxo que permite que dois Amy Ponds de diferentes fluxos de tempo existam simultaneamente, mas depois revela que isso é uma mentira. Isso poderia significar que a TARDIS por si só não é capaz de sustentar o paradoxo, ou que poderia, mas O médico não sabe como fazer isso.
Ele teria que efetivamente destruir sua TARDIS
Para construir a Máquina do Paradoxo, o Mestre teve que canibalizar a TARDIS, pegando diferentes partes e reconstruindo-as para permitir que o paradoxo ocorresse. Então, para fazer o mesmo, o Doutor também teria que modificar sua TARDIS até o ponto em que ela não funcionasse mais como uma TARDIS. Eu não acredito que ele jamais pensaria em fazer isso com o "Sexy".
Não é uma solução permanente
Qualquer coisa que alguém faz sob a influência de uma Máquina Paradoxo é invertida no momento em que a Máquina Paradoxo pára de funcionar. No caso de O Mestre, um Ano da Terra inteiro foi desfeito depois que Jack atirou, e todos os Toclafane foram enviados de volta ao fim do universo.
Portanto, se a Máquina Paradoxo que o Médico constrói parar de funcionar por qualquer motivo, seja dano, ou uma simples avaria, ou mesmo apenas um sentido de conversa com ele, tudo o que ele fizer se desfaz. Ele poderia salvar todos os seres vivos no universo um milhão de vezes e seria revertido como nunca aconteceu, apesar de estar no centro dele, ele ainda se lembra de tudo.
É muito poder
O Doutor tem tentado esse tipo de poder muitas vezes antes. Por exemplo, apenas na série moderna, ele foi oferecido O Paradigma Skasis por Lassar
DOCTOR: I could save everyone.
FINCH: Yes.
DOCTOR: I could stop the war.
"School Reunion" (S2, E3)
Ele brevemente cedeu e decidiu tornar-se Time Lord, grande decisor de quem vive e quem morre, antes de ser esbofeteado no rosto com uma lição de moralidade
DOCTOR: We're not just fighting the Flood, we're fighting time itself. And I'm gonna win!
...
DOCTOR: For a long time now, I thought I was just a survivor, but I'm not. I'm the winner. That's who I am. The Time Lord Victorious.
...
DOCTOR: I've gone too far. Is this it? My death? Is it time?
"The Waters of Mars" (2008-2010 Specials, E3)
E o exemplo mais recente, ele foi dado um exército de Cyberman por Missy para seu aniversário
Em última análise, ele sempre acaba recusando o poder, porque ele percebe que é demais para uma única pessoa.MISSY: An indestructible army to rage across the universe. The more they kill, the more they recruit. Happy birthday. Oh! You didn't know, did you? It's lucky one of us remembers these things.
...
DOCTOR: All of this. All of it, just to give me an army?
MISSY: Well, I don't need one, do I? Armies are for people who think they're right. And nobody thinks they're righter than you. Give a good man firepower, and he'll never run out of people to kill.
DOCTOR: I don't want an army!
MISSY: Well, that's the trouble! Yes, you do! You've always wanted one! All those people suffering in the Dalek camps? Now you can save them. All those bad guys winning all the wars? Go and get the good guys back.
DOCTOR: Nobody can have that power.
"Death in Heaven" (S8, E12)
No grande esquema das coisas, é meio lixo
De todas as várias maneiras como o Doutor pode se tornar uma divindade onipotente governando o cosmos, uma Máquina do Paradoxo é realmente uma das piores maneiras que ele poderia fazer, mesmo se ele quisesse.
Tenho certeza de que existem outras razões, mas acho que é seguro parar às cinco.