Parece que você chegou à conclusão sozinho, apenas não sabe qual aplicar.
As regras parecem claras, como você descreveu no PHB página 198
"...they (temporary hit points) can't be added together. If you have temporary hit points and receive more of them, you decide whether to keep the ones you have or gain new ones..."
Armor of Agathys: You gain 5 temporary hit points for the duration. If a creature hits you with a melee attack while you have these hit points ..."
Estes sendo da Armadura de Agathys soletram especificamente.
Portanto, no momento em que você reduz uma criatura a 0 HP, ela diz que você ganha automaticamente HP temporário como parte da Bênção do Escuro. Se você escolher esses pontos de vida, a Bênção do Escuro Uno sobrescreve sua Armadura de Agathys. Imagine isso no contexto. Você lança Armadura de Agathys, o hp temporário toma a forma de uma geada espectral que cobre seu corpo.Dark One's Blessing: "...you gain temporary hit points equal to..."
No momento em que você mata alguma coisa e seu patrono, 'The Dark One', colhe sua energia vital e você escolhe uma parte dela, essa geada espectral desaparece no lugar de um amortecedor mais strong de essência escura girando em torno de você. monstro que você acabou de matar. Não mais Armadura de Agathys, e assim a magia termina e seu efeito não se aplica mais.