Não , a arma da respiração não seria carregada.
A arma da respiração só pode ser carregada ou descarregada.
Tomando o Young Red Dragon como exemplo, primeiro a ação regular:
Breath Weapon (fire) Recharge 5
e a ação desencadeada:
Bloodied Breath Encounter
Trigger: The dragon is first bloodied.
Effect (Free Action): Breath weapon recharges, and the dragon uses it.
Pelas regras, o teste de recarga é feito a cada turno, independentemente de a energia ser ou não gasta (Compêndio de Regras p91):
At the start of each of the monster's or trap's turns, the DM rolls a d6.
Não há nota para rolar apenas durante os turnos quando a energia é descarregada. Isso torna a situação muito análoga à ação desencadeada que também pode recarregar uma energia já carregada. De qualquer maneira, se a energia é usada, é gasto. Você não pode armazenar cobranças.