De todas essas histórias, eu acredito (como dono de uma loja de quadrinhos) que as duas mais importantes são "Segunda Vinda" e "Cisma".
"Segunda Vinda" mostra como o Cable retorna do futuro para devolver Hope (o Messias mutante) a seu cronograma adequado. Os X-Men lutam para protegê-la, e Nightcrawler se sacrifica em uma batalha com Bastion. Este arco de história foi publicado como 13 capítulos em vários títulos X, e cada capítulo foi instrumental (não apenas histórias / aventuras derivadas).
"Cisma" mostra como a equipe se divide em duas facções: a equipe de Cyclops permanece na Utopia, enquanto a equipe de Wolverine reinicia a escola em Westchester. O impacto da história é que agora existem duas equipes distintas de X-Men em "Uncanny X-Men" e "Wolverine & the X-Men", respectivamente.
É claro que "Avengers vs. X-Men" é o enredo atual que deve ser extremamente significativo para a composição de todo o universo de super-heróis da Marvel.