Eu acho que há um problema com a sua compreensão das viagens trans-dimensionais.
One of the things that happens is that people cross over from one of these realities to another. When that happens, the person merges with the alternate-universe version of themselves, if such a person exists.
Isso não é verdade. O que aconteceu com Comstock foi que, ao se expor repetidamente a lágrimas, seu corpo estava degradado. Quando você está exposto a uma lágrima, e o outro espaço / tempo / dimensão tem uma versão sua, então você e seu duplo se misturam um pouco. Expor-se constantemente a múltiplos futuros fez com que esse efeito menor se acumulasse ao longo do tempo, envelhecendo e esterilizando Comstock.
No entanto, quando você abre um rasgo e viaja até o outro espaço / tempo / dimensão, o efeito acima só ocorre uma vez e é menor. Os principais problemas que a Comstock sofreu só ocorrem por meio de exposição repetida.
É por isso que o plano de Lutece foi bem sucedido (e, nesse sentido, como eles foram capazes de raptar Elizabeth em primeiro lugar). No flashback do sequestro de Elizabeth, vemos Comstock e Robert no universo de Booker, com Rosalind no universo de Comstock. Então ambos cruzam com Elizabeth. Se cruzar universos resultou na fusão que você descreveu, então Comstock não teria sido capaz de vir ao universo de Booker, nem Robert teria sido capaz de ir para Rosalind (também de Comstock).