Os comentários sobre esta questão têm a maior parte da informação que parece prontamente disponível sobre as diferenças entre o filme e o filme, e eu mesmo não li o romance, então tenha isso em mente.
Aqui está o link para o site com a melhor análise que eu notei.
Para resumir, as principais diferenças são:
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O número de caracteres no transporte para o Vega; no filme, só há espaço para um. No livro, tem cinco assentos.
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O personagem de Palmer Joss é escritor religioso no filme; no livro ele é um pregador.
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O fim da Guerra Fria fez com que uma das subtramas do romance fosse retirada do filme.
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Existem (sem dúvida) motivações diferentes para alguns dos personagens do romance, como mostrado no filme.
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O filme aparentemente encena mais o aspecto "ciência vs religião" do que o romance.
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O personagem de Ellie não enfrentou o sexismo que encontrou no filme.
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O aspecto romântico do filme não existe no romance.
Aqui está outro link para uma pergunta do Quora com alguns dos mesmos pontos listados.