Houve 3 motivos:
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Primeiro, Windu NÃO estava inicialmente tentando matar Palpatine, mas prendê-lo
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Então, Windu viu um grave perigo como Anakin - quem ele já não confiava em torno do Sith anterior - estava aparentemente oscilando em ser convencido por Palpatine para se juntar a ele contra Windu
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Nesse ponto Windu percebeu que matar Palpatine é a única opção viável - ou Anakin vai se juntar a ele, ou até mesmo ele é preso, ele vai ganhar nos tribunais etc.
Mais especificamente, de acordo com o script, a seguinte caixa de diálogo ocorreu (aspas do script):
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Primeiro, Windu NÃO estava inicialmente tentando matar Palpatine, mas prendê-lo:
They stop as MACE forces PALPATINE to drop his sword. PALPATINE and MACE start yelling at each other. MACE WINDU: You are under arrest, My Lord.
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Então, Windu viu um grave perigo como Anakin - quem ele já não confiava em torno do Sith anterior - estava aparentemente preso em ser convencido por Palpatine a se juntar a ele contra Windu:
PALPATINE: Anakin! I told you it would come to this. I was right. The Jedi are taking over. MACE WINDU: You old fool. The oppression of the Sith will never return. Your plot to regain control of the Republic is over . . . you have lost . . . PALPATINE: No! No! You will die! PALPATINE raises his hands, and lightning bolts shoot out. They are blocked by MACE's lightsaber. PALPATINE is pushed back against the window sill. PALPATINE: He is a traitor, Anakin. MACE WINDU: He's the traitor. Stop him! PALPATINE: Come to your senses, boy. The Jedi are in revolt. They will betray you, just as they betrayed me. PALPATINE: You are not one of them, Anakin. Don't let him kill me. PALPATINE: I am your pathway to power. I have the power to save the one you love. You must choose. You must stop him. MACE WINDU: Don't listen to him, Anakin.
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Nesse ponto, Windu percebeu que matar Palpatine é a única opção viável - ou Anakin vai se juntar a ele, ou até mesmo ele é preso, ele vai ganhar nos tribunais, etc.
MACE WINDU: You Sith disease. I am going to end this once and for all. ANAKIN: You can't kill him, Master. He must stand trial. MACE WINDU: He has too much control of the Senate and the Courts. He is too dangerous to be kept alive.