Eu não acho que será possível escolher um assento na janela. É bem provável que eles estejam realmente todos ocupados ou, pelo menos, designados. Você poderia (e deveria) continuar fazendo checkins online caso as pessoas mudem de ideia; um assento pode ficar disponível.
Suspeito que sua falta de reserva de assento tenha sido causada pela reserva em um site de terceiros. Pode fazer sentido reservar seus ingressos diretamente com a companhia aérea. Alternativamente, quando você usa um site de terceiros, você deve obter um código PNR (reserva) que você pode usar para ir ao site da companhia aérea para reservar um lugar mais tarde.