A terminologia é uma combinação de história e "confiabilidade" (por falta de um termo melhor).
Historicamente, o radar primário foi inventado primeiro. Portanto, faz sentido que isso seja chamado de "primário" e outro esquema inventado posteriormente seja chamado de "secundário".
Os sistemas ATC gostam de garantir que os dados com os quais estão trabalhando sejam confiáveis. Os sistemas de radar primários são baseados apenas nos sinais de radar refletidos. Se você obtiver uma reflexão, você sabe que há algo lá, se tem ou não um transponder (ou, na verdade, se é ou não uma aeronave). Este é certamente um ponto chave nos sistemas de radar militares, e o radar ATC foi derivado diretamente do radar militar.
Com a operação do radar secundário (transponder), não há garantia de que o transponder não esteja mentindo (deliberadamente ou não). Um transponder defeituoso certamente poderia relatar locais falsos ao sistema ATC. Ou você provavelmente pode imaginar cenários em que um local falso possa ser deliberadamente devolvido.
Os sistemas ATC usam as informações de localização primária e secundária de uma aeronave e as correlacionam para representar uma aeronave no céu. Eles não relatam exatamente a mesma localização física, então há um grau de imprecisão no sistema para explicar isso. Se os dois locais relatados estiverem muito distantes, você obterá uma faixa não correlacionada. Às vezes, se duas aeronaves cruzam a pista uma da outra de determinadas maneiras, o sistema ATC pode ficar confuso e associar o radar primário errado ao relatório errado do transponder. Os controladores têm procedimentos para lidar e corrigir esses tipos de problemas.
Assim, o radar primário é primário porque (a) veio primeiro e (b) é a fonte mais confiável de informações de localização de aeronaves. O "radar" secundário (que, como você aponta, não é realmente um radar), é chamado assim porque está integrado ao sistema primário de radar.
Mais geralmente, as várias tecnologias para localizar e identificar aeronaves no espaço aéreo são coletivamente chamadas de "vigilância". Exemplos de vigilância do ATC são radar primário, transponders, multilateration, relatórios de posição do ACARS e outras tecnologias.