Os navios foram perdidos ou destruídos na guerra contra os Wraith.
A Guerra Lantean-Wraith aconteceu na galáxia Pegasus dez mil anos antes do presente, e durou um século. Os atlantes perderam. Uma idosa Elizabeth Weir descreveu a fase final da guerra:
Como os atlantes não possuíam uma frota substancial depois da guerra, eles não poderiam deixar de deixar navios em nossa galáxia durante os estágios posteriores da guerra, e eles teriam mais facilidade em recuperar navios perdidos da Via Láctea ( onde o poder da Atlântida era incomparável) do que de Pégaso.ALT-WEIR: The Atlanteans sent a delegation protected by their most powerful warships in the faint hope of negotiating a truce. One on one, the Atlantean ships were more powerful, but the Wraith were so many. After that great battle, it was only a matter of time.
— "Before I Sleep" (SGA:1x15)
Após a guerra, os refugiados da Atlântida viajaram para a Terra via Stargate. Daquele tempo em diante, eles se dedicaram à ascensão (para a qual os navios eram desnecessários) e à não-interferência (pelos quais os navios teriam sido contraproducentes) com culturas menos avançadas.
(1) EG, Ganos Lal / Morgan Le Fay .