O desenho estreou em outubro do 1992, um ano depois que os quadrinhos dos X-Men sofreram um grande abalo no ano anterior. Portanto, o desenho animado foi fortemente influenciado e baseado no status quo da mudança do 1991. A lista dos X-Men foi dividida em duas equipes para a publicação dos dois quadrinhos dos X-Men. A equipe Gold estrelou a longa série Uncanny X-Men e consistiu em Storm, Jean Grey, Colossus, Iceman e Arcanjo (com Bishop se juntando logo após sua formação). A Equipe Azul estrelou a nova série, chamada simplesmente X-Men, e consistia em Ciclope, Besta, Gambit, Wolverine, Rogue e Psylocke (com o Jubileu como personagem de apoio). A programação do desenho animado consiste principalmente do que era a equipe azul na época, com Storm e Jean Grey adicionados no lugar de Psylocke. O elenco do desenho consistia em Ciclope, Besta, Gambit, Wolverine, Vampira, Jubileu, Tempestade e Jean Gray, com o Professor X também.
Ao contrário dos quadrinhos, onde os X-Men foram publicados pela primeira vez na primeira edição de Uncanny X-Men em 1963, os X-Men foram publicados pela primeira vez no primeiro episódio do desenho animado, com a lista listada acima. Muitos episódios adaptam histórias dos quadrinhos, mas geralmente foram feitas alterações para ajustar as diferenças de elenco e mudar o tom para um seguro para a manhã de sábado.
Alguns episódios que foram adaptados dos quadrinhos e as mudanças nele foram:
03 Digite Magneto - Adaptado de Uncanny X-Men #1 (1963). Paralelamente ao primeiro encontro dos X-Men com Magneto, mas em vez de toda a equipe lutar contra Magneto, é apenas um trio de X-Men (Storm, Cyclops e Wolverine; Storm e Wolverine não estavam presentes nessa luta nos quadrinhos).
05 Corações em Cativeiro - Adaptado de Uncanny X-Men # 169-170 (1983). O coração da história é o mesmo: os X-Men (Wolverine, Gambit, Rogue e Storm no desenho animado; Nightcrawler, Colossus, Kitty Pryde e Storm nos quadrinhos) rastreiam um companheiro de equipe desaparecido (Cyclops e Jean Gray no desenho animado; Angel nos quadrinhos) nos esgotos depois que eles são sequestrados pelos Morlocks. Lá, Storm luta contra o líder Morlock Callisto pela liberdade de seus amigos seqüestrados. Nos quadrinhos, Storm apunhala Callisto no coração, que foi alterado para Storm simplesmente derrotando Callisto no desenho animado.
07 Ilha Escrava - Adaptado de Uncanny X-Men # 235-238 (1988). Os X-Men se tornam prisioneiros em Genosha, uma ilha construída nas costas de escravos mutantes. Essa é uma adaptação mais flexível do material de origem, mais usando elementos do que plotagem estrita.
11-12 Days of Future Past - Adaptado de Uncanny X-Men # 141-142 (1981). Uma mutante do futuro (Kate Pryde nos quadrinhos, Bishop no desenho animado) viaja no tempo com a ajuda de outro mutante (Rachel Summers nos quadrinhos, Forge no desenho animado) na tentativa de impedir o assassinato do senador Robert Kelly nas mãos da Irmandade dos Mutantes do Mal. A afirmação de Bishop de que Gambit é um traidor também é retirada de X-Men #8 (1992).
18 Repo Man - Adaptado de Uncanny X-Men #109 (1978) e # 120-121 (1979). A equipe original de Wolverine, Alpha Flight, volta para recuperá-lo.
19 X-Ternally Yours - Adaptado livremente de X-Men # 8-9, Ghost Rider # 26-27 (1992). Isso empresta elementos do passado de Gambit, incluindo as Guildas de Assassinos e Ladrões.
22 A Rogue's Tale - Continuação de eventos do Avengers Annual #10 (1981). Este episódio mostra a origem de Vampira, seus poderes absorventes da Sra. Marvel, e mostra no universo do desenho animado e o acompanha.
24 Mojovision 36 Longshot - Adaptado livremente de X-Men # 10-11 (1992). Este episódio apresenta o Longshot e usa elementos desses problemas.
29-33 Saga Phoenix - Adaptado de Uncanny X-Men # 100-108 (1976). A clássica Phoenix Saga é adaptada de maneira bastante direta, apenas com membros mais novos, como Jubilee, Rogue e Gambit, no lugar dos que estavam nos quadrinhos na época (Banshee, Colossus, Nightcrawler).
40-43 A Saga Dark Phoenix - Adaptado de Uncanny X-Men # 129-137 (1980). Isso foi adaptado de maneira semelhante à Saga da Fênix. Personagens diferentes, o mesmo enredo básico, mas o final é completamente diferente (tornado seguro para a TV).
48-49 Santuário - Adaptado livremente de X-Men # 1-3 (1991) e o enredo de Atrações Fatais (1993). Elementos como Fabian Cortez, que engana Magneto e a destruição do Asteróide M, são semelhantes a esses quadrinhos.
50 Xavier lembra - adaptado livremente de Uncanny X-Men #117 (1979). A batalha de Xavier com o Rei das Sombras parece uma reminiscência da primeira aparição do Rei das Sombras.
54-55 O valor de um homem - Adaptado livremente da história da Era do Apocalipse (1995). O ponto de partida, na trama, é idêntico (e se o Professor X fosse assassinado antes que ele pudesse formar os X-Men), mas tudo o que acontece parece completamente diferente.
56-57 Proteus - Adaptado de Uncanny X-Men # 125-128 (1979). Adaptação direta com as alterações feitas no elenco.
59 Linhagens - Adaptado de X-Men Unlimited #4 (1994). A origem do Nightcrawler é apresentada aqui.
61 Arma X, Mentiras e Vídeo - Adaptado livremente de Wolverine # 48-50 (1991). Wolverine descobre mais sobre seu passado e descobre seus implantes mentais, como originalmente mostrado nesta história de Wolverine.
67-68 A Aliança da Falange - Basicamente baseada na história da Aliança da Falange (1994). O nome e os vilões são parecidos, mas esse duplo papel também incorpora Warlock na mistura e em um elenco diferente de personagens.
69-70 Frente da Tempestade - Adaptado do X-Men Annual #3 (1979). Enredo semelhante, elenco diferente.
72 Teatro do Conto de Fadas do Jubileu - Adaptado de Uncanny X-Men #153 (1982). Baseado em uma história em que Kitty conta contos de fadas estrelando os X-Men para Illyana; o desenho animado assina o Jubileu e a faz contar contos de fadas para crianças presas em um desmoronamento.
73 Soldados Antigos - Adaptado livremente de Uncanny X-Men #268 (1990). A questão estabelece que Wolverine lutou ao lado do Capitão América na Segunda Guerra Mundial, o que este episódio também mostra.
75 Descida - Adaptado livremente de As aventuras adicionais do Ciclope e Phoenix # 1-4 (1996). Esta série limitada estabelece o Sr. Sinister como o ex-cientista vitoriano Nathaniel Essex, que também é o tema deste episódio.