O que aconteceu no final da aniquilação?

Temos duas possibilidades como você mencionou:
1) Lena, como Kane é um doppelganger alienígena. Ela está mentindo sobre o estrangeiro morrendo
2) Lena é o eu original que entrou.

fonte citada: Aniquilação explicada

1) No caso em que ela é um doppelganger, é possível que ela esteja mentindo. Mas vamos considerar isso:

Lena proceeds into the hole in the ground. She sees Ventress whose face is all liquid like. This is an altered Ventress. Most of her is now spliced with the alien cells. She says this - “I needed to know what was inside the lighthouse. That moment's passed. It's inside me now. It's not like us. It's unlike us. I don't know what it wants. Or if it wants. But it will grow until it encompasses everything. Our bodies and our minds will be fragmented into their smallest parts until not one part remains. Annihilation”. What she’s referring to is the nature similar to which cancer works. The cancer cells don’t want anything. But they grow until they encompass everything and annihilate the body.

Este ser alienígena não tem um propósito de dominação mundial. O que está fazendo com o ambiente da Terra e os seres vivos é sua natureza. Mentir exigirá um propósito e, como não há um, podemos dizer que Lena não está mentindo.

Além disso, o filme inteiro é uma narração deste Lena. Se ela está mentindo sobre o farol, por extensão, ela pode estar mentindo sobre todos os eventos dentro do Shimmer e nós não temos nenhum filme para acompanhar.

2) O Lena no final não é o doppelganger.

As they proceed further, they find trees in the shape of people. This is actually people who have mutated into trees, we’re shown this later on. Josie explains how everything inside the Shimmer is refracted down to the DNA. Everything is splicing up.

Com base no que Josie diz a Lena, sabemos que assim que eles entraram no Shimmer, seus DNAs começaram a ser alterados. No momento em que Lena sai do Shimmer, seu DNA foi alterado o suficiente para ser parte alienígena.

No final,

Lena meets Kane. She asks him “You aren't Kane are you?”. He replies saying “I don't think so”. He asks her “Are you Lena?”. She doesn’t respond. Kane is an alien clone. Much of Lena is also spliced with alien cells. We are shown a Shimmer in Lena’s eyes.

Baseado em tudo isso ... Eu gostaria de resumir que Lena não está mentindo, ela não é toda alienígena, mas ela tem alienígena suficiente nela para não ser capaz de responder uma simples pergunta "Você é Lena?". Ela não tem mais certeza e isso é confirmado com aquele brilho nos olhos dela.

O filme é o tipo de filme que depende do poder da dúvida, por isso não é claro para nós o que aconteceu.

Mas, com base em algumas razões, podemos supor que Lena não é um clone:

O fato da mentira

O fato da mentira, apontado por @John

Memórias

Os clones não têm memórias, ou pelo menos não muito disso. Quando Kane sai e retorna para sua casa, ele parece não ser capaz de lembrar de nada, nem mesmo de Lena. A única razão pela qual ele estava lá era que de alguma forma ele achava familiar o rosto de Lena.

Observe que a perda de memória ocorreu depois que ele voltou do brilho. No final, Lena lembra de Kane, ela pergunta onde está seu marido. A única razão pela qual Kane se lembra de Lena novamente é que eles se encontraram depois que Kane deixou o brilho. Então, dar que Lena se lembre de Kane e se preocupe com ele, é uma pista de que ela não é um clone.

A verdade

Os clones não têm medo de dizer a verdade. É apontado por Dr.Ventress, e a própria Lena, que eles não sabem o que o alienígena quer, ou se ele quer alguma coisa. Kane também não hesita em responder qualquer pergunta, mesmo quando o coloca em perigo dizendo que ele não é Kane. Mas quando Lena não responde, pode ser um indício de que ela não é um clone, mas ela não tem certeza.

Mutações

Ter um aluno brilhante não significa necessariamente que eles sejam clones. A mutação é um efeito colateral do brilho, por isso é crescer folhas fora da pele, mas isso não significa que você tem que ser um clone. Josie é afetada pelos mesmos efeitos, mas ela não é um clone e, finalmente, desiste de sua vida, tornando-se uma árvore. Portanto, você certamente não pode dizer que pupilas brilhantes equivalem a ser um alienígena.