Por que eles escolheram o Doctor para produzir um novo soldado?

Everyone gets processed.

Lembre-se de que as pessoas que encontraram os recém-chegados eram treinadores básicos. Além disso, existem apenas dois grupos de pessoas em Messaline: os humanos e os Hath.
O Doctor e co obviamente não são Hath, portanto eles devem estar do lado dos humanos, e assim eles são processados como todo mundo.

Não foi até muito mais tarde que eles foram descobertos para ser "estoque pacifista", resultando em Cobb trancar Jenny junto com o médico e Donna. Até aquele momento, não havia razão para suspeitar de qualquer tipo de "corrupção", especialmente dada a atitude "G.I. Jane" de Jenny e a ajuda do Doutor em localizar uma rota anteriormente oculta para a Fonte.

Basicamente, era apenas uma questão de seguir ordens ("Todos são processados") que nunca haviam explicado a possibilidade de pessoas de fora, muito menos esse "estoque pacifista" como o Doutor, já que nunca houve ninguém a não ser os dois. facções do planeta. Bons soldados não questionam as ordens, especialmente porque não tinham motivos para fazê-lo aqui.

A única razão, eu suspeito, que Donna e Martha não foram "processadas" também é por causa do ataque de Hath logo depois que Jenny saiu.