Sim, a posse anula o devorador de intelectos e o devorador de intelectos provavelmente desejaria abandonar a nave naquele ponto, mas tecnicamente poderia optar por permanecer durante o passeio por um tempo para não ficar exposto. Quando o alvo este, tanto o fantasma quanto o devorador de intelecto seriam forçados a sair.
À luz de outra resposta que desafia algumas das suposições básicas listadas no OP, aqui estão as razões pelas quais o host de um devorador de intelectos é um alvo válido para a Posse de um fantasma.
A posse requer apenas que seu alvo seja um humanóide. Não diz nada sobre estar consciente ou "ter consciência para começar. A outra resposta questionou se o anfitrião de um devorador de intelectos ainda conta uma criatura e questionou ainda que, se era de fato uma criatura, ainda era um humanóide.
Ok, então o que é uma criatura?
Não há definição técnica do que constitui uma "criatura" nos livros do 5e. Jeremy Crawford twittou que uma criatura é um "ser" de um dos tipos listados na introdução do Manual do Monstro.
Mas espere, ele perde sua criatura se estiver morto?
Não. Vamos olhar para o feitiço da ressurreição.
You touch a dead creature that has been dead for no more than a
century, that didn't die of old age, and that isn't undead.
Direito. Portanto, estar morto não impede que uma criatura seja uma criatura, caso contrário não haveria algo como "criatura morta". Mas isso é um ponto discutível de qualquer maneira, porque o host NÃO está explicitamente morto. De acordo com a descrição do ladrão de corpos, o corpo hospedeiro ainda está vivo até que o devorador de intelectos saia ou seja expulso da cavidade cerebral do corpo hospedeiro. Não há "efetivamente morto" ou "morto para todos os efeitos" aqui. O corpo, a criatura (eu cobri isso) não está morto.
Mas espere! Ainda é um humanóide?
Isso está ficando um pouco circular, mas Jeremy Crawford twittou que o humanóide é um tipo de criatura e uma criatura é um humanóide se for desse tipo.
Um tipo de criatura é uma estatística encontrada no bloco de estatísticas de uma criatura. Se ao menos tivéssemos um bloqueio estatístico para um devorador de intelectos em um hospedeiro.
In Waterdeep: Dragon Heist (p. 210), temos um bloco de estatísticas para
Meloon Wardragon, an NPC possessed by an intellect devourer. It lists him as "Medium Humanoid (human), neutral evil" and we see that he knows Deep Speech and has telepathy 60 ft.
Com base no texto que segue seu bloco de estatísticas, sob o título "Estatísticas Ajustadas dos Jogos", vemos que ele é restaurado ao seu antigo eu, seu alinhamento muda e ele perde o Discurso Profundo e a telepatia. Não diz que o tipo de criatura muda para humanóide. E seria, já que outros efeitos do jogo claramente chamam esses tipos de mudanças.
Olhando para este bloco de estatísticas, podemos concluir que este NPC é um alvo válido para um ataque de Posse de Fantasma porque ele tem o tipo de criatura humanóide.