Se o vento cortante (às vezes chamado de gradiente de vento, que na minha opinião é o melhor termo) encontrado naquela parte do ciclone que a aeronave está penetrando é menor do que o que a aeronave pode suportar, então, sim, uma aeronave pode seguramente voar em um ciclone.
O que a aeronave pode suportar varia muito, dependendo da velocidade em que ela está voando. As aeronaves grandes têm uma velocidade de penetração de turbulência recomendada, tanto em termos de nós quanto de mach. Na ausência de tal recomendação, as velocidades V relevantes são Va, Vb e Vo. link é uma boa referência de terminologia de velocidade V.
Eu não sei quais são os valores típicos do gradiente de vento dentro de um ciclone ou qual é a sua distribuição dentro da área ciclônica. No entanto, eu ficaria surpreso se eles fossem significativamente maiores do que os gradientes dentro de tempestades tropicais, e as aeronaves penetrarem de tal forma.
Na temporada, há uma linha aproximadamente norte-sul de tempestades que se desenvolve regularmente entre Sumatra e Sri Lanka, com topos superiores a 50.000 pés. Sem o combustível para percorrer a linha, nós passávamos por ele regularmente usando o radar para evitar o pior. No entanto, com esses radares antigos (na década de 1990, em 747), não era incomum que acabássemos em uma célula.