Sim, acho que você poderia substituir com sucesso a batata-doce, talvez com algumas considerações.
Batata doce será um pouco mais doce que a abóbora comum, então ajuste qualquer um dos adoçantes em sua receita de acordo. Abóbora enlatada também pode ter maior teor de água, por isso, esteja ciente de que você monta os ingredientes.
Note-se que o recheio de torta de abóbora em lata é diferente da abóbora enlatada simples, em que tem adoçantes e especiarias adicionados. Dependendo do tipo de abóbora que sua receita pede, confie em seu próprio paladar para ajustar o açúcar e o tempero.