Esta resposta contém spoilers, portanto, se você ainda não viu o filme, desvie o olhar!
Isso é tudo especulação. Dispostos aproximadamente em ordem de plausibilidade.
Os eventos do filme 2009
No filme 2009, o Nero tem um navio com “Armamento avançado e formidável” isso destrói o USS Kelvin, pelo menos quarenta e sete aves de guerra Klingon, e reduz seis navios da Federação em estilhaços. Poderia ter feito o mesmo com a empresa.
(Barra lateral: isso levanta a questão de por que ninguém na Terra ou em Vulcano viu a nave de Nero e a broca em sua atmosfera. Não estou falando de defesas automáticas - apenas olhando com os olhos. Sabemos que a mãe de Spock viu e, aparentemente, ela fez pouco sobre isso.)
A Vingança sai da dobra razoavelmente próxima da Terra e é maior do que qualquer navio existente da Frota Estelar. Também parece ter seguido a Empresa de perto em distorção (“Recursos avançados de distorção”) Aponta armas grandes e assustadoras para a Enterprise. Soa familiar?
Eu não acho que a Frota Estelar lançaria um grande número de navios e viveria em algo que os superasse e superasse, dado o que aconteceu da última vez. Claro, é essa a eventualidade que Marcus estava tentando mitigar quando construiu a Vingança.
O ataque à sede da Frota Estelar
Marcus reuniu todos os oficiais da Frota Estelar com "navios na área" na sala de conferências antes do ataque de Khan. Existem duas possibilidades para cada oficial:
Eles são mortos e seu navio precisa de um novo capitão ou primeiro oficial. Não sei com que rapidez a Frota Estelar poderia promover alguém como capitão de um de seus navios-chefe, mas acho que é mais do que um dia. E dado o tamanho da Vingança, acho que eles não enviariam nada além de um carro-chefe.
Kirk é uma exceção. Ele já era o capitão da Enterprise, então conhecia os exercícios associados ao navio. A experiência é menos problemática, e Marcus está disposto a usá-lo como um peão contra Khan e os Klingons.
Ou, eles estão feridos. Quando a tripulação está embarcando na empresa, Bones se refere ao ataque como muito recente. (Acho que ele diz dez horas, mas não me lembro.) Os outros eventos ocorrem no espaço de um dia ou mais, então eles enviavam um capitão que estava ferido no meio de uma batalha com cerca de um dia. de recuperação. Considerando que Kirk era uma das pessoas menos feridas naquela sala e não estava apto para o trabalho, não vejo isso funcionando bem para elas.
Eles simplesmente não sabem
Todos os tiros disparados na Marcus pela Enterprise ocorrem no subespaço (enquanto estão no warp). Seus cientistas acreditam que o uso de armas durante a dobra é impossível, então eles podem não perceber que a Vingança disparou contra a Empresa. Além disso, como Scotty apaga as armas quase imediatamente, os scanners da Terra podem não registrar a nave como hostil. (Fortemente armado, sim. Atirando na empresa, não)
A Frota Estelar pode até pensar que o grande navio está ajudando a Empresa. A Enterprise saiu do warp com danos sérios (mas esse dano não poderia ter acontecido no warp, então como eles se deformaram nas proximidades da Terra?) E é incapaz de se comunicar com a Frota Estelar. Dada a proximidade, essa é uma possibilidade.
E quando Khan começa a atirar na Enterprise, e os torpedos explodem, tudo acaba em alguns minutos. Se eles não conseguiram alguns jumpships para defender sua sede naquele tempo, ajudar em uma batalha de naves provavelmente é um pouco demais para eles.
Edit: Isso é tirado da água quando você considera que a Empresa é capaz de se comunicar com o New Vulcan e o outro Spock, mas não com a Terra, que está praticamente à vista. Precisamos perguntar por que Spock não diz simplesmente à Terra: “A propósito, aquele grande navio preto não marcado? Sim, isso está tentando nos matar.
Marcus está na vingança
Durante esta batalha, o almirante da Frota Estelar está envolvido. Ele pode ter o poder de veto para dizer: "Não suba e entre na luta!". O comando da Terra também pode estar lutando para se apossar dele (já que eles provavelmente acham que ele ainda está na Terra) para obter autorização para se juntar à luta.
Uma possibilidade que eu considerei brevemente, depois demiti, foi que Marcus disse à Starfleet que Kirk e a Enterprise os haviam traído e precisavam ser destruídos. Acho isso improvável, porque acho que muitos oficiais da Frota Estelar gostariam que eles fossem julgados na Terra por esses supostos crimes, e não apenas executados por Marcus.
Sabotage por Marcus
Sabemos que Marcus nix-ed o núcleo de distorção da empresa. Se ele quisesse, ele provavelmente poderia causar danos semelhantes a outros navios da Federação. E não precisa ser um dano sério: basta mantê-los fora da luta por algumas horas é tudo o que ele precisa. (Este talvez esteja se alongando um pouco.)
Essas são as principais razões pelas quais consigo pensar. A maioria deles é frágil, e eu provavelmente poderia fazer buracos e contra-buracos por um tempo, mas acho que transmite as principais idéias.
Nenhum deles é discutido ou mencionado explicitamente no filme; portanto, se alguém tiver motivos com base nos eventos do filme, prefiro ler isso como resposta.