tl dr dr - Não havia como (um ponto discutível) desfazer os eventos da linha do tempo como vimos, mas eles poderiam se infiltrar em outras linhas do tempo e corrigir a maioria dos efeitos do Snap.
O principal problema é a teoria um tanto confusa da viagem no tempo que os filmes usavam, baseada em pelo menos A versão da viagem no tempo usada pelos quadrinhos.
De acordo com a explicação, quando você viaja no tempo, não viaja para o seu próprio passado, mas em uma linha do tempo alternativa em que sua aparência ocorreu. Portanto, tirar as pedras da linha do tempo não apaga sua existência em "nosso presente" e não nega que Thanos possa recuperá-las.
Portanto, as missões de recuperação geram várias novas linhas de tempo, nas quais cada uma das pedras não existe mais onde estavam na linha do tempo principal.
Porém, ao devolver as pedras quase imediatamente após serem removidas, o efeito nas referidas linhas do tempo é praticamente nulo. Assim, por exemplo, o Ancião perde apenas o uso da Pedra do Tempo por um breve período, não o tempo suficiente para deixar de defender o Santuário.
A viagem no tempo de Thanos gera outro linha do tempo, onde ele simplesmente e misteriosamente desapareceu da existência. Essa linha do tempo nunca o viu recolher as pedras e nunca sofreu com o Snappening. O Thanos que vimos no final do filme não era o mesmo que vimos no começo, mas um de uma linha do tempo divergente.