Sim você pode. Mas isso não significa que você deveria.
Não conheço nenhum mecânico no Pathfinder pelo qual um shifter possa mudar de classe quando mudar de forma, e ficaria muito surpreso se houvesse um - isso derrota o propósito de um sistema baseado em classe.
No entanto, você é o GM. Sua principal responsabilidade é criar um jogo divertido para todos. Você pode definitivamente quebrar as regras a serviço da história, para esse fim. (Você pode faça quase tudo, desde que seus jogadores não se oponham.)
Mas quebrar as regras tem um preço - especialmente em um caso como esse, em que você não pode obter a adesão dos jogadores antes de fazê-lo. Você está corroendo a previsibilidade do mundo - tornando os jogadores menos certos de como ele funciona. Se forem maltratados, os jogadores sentirão que você "trapaceou", dando a eles um vilão que eles não tinham como vencer. Mesmo na melhor das hipóteses, isso torna os jogadores menos certos de como o mundo funciona - algo que você normalmente não quer. E então os jogadores vão querer investigar os limites da mudança, até que do entende isso.
(Um problema de exemplo: o que você vai responder se um dos jogadores quiser interpretar um shifter que pode fazer isso como seu próximo personagem? Se um vilão pode fazer isso, por que um herói não pode? de problemas futuros para você.)
Portanto, antes de fazer isso, devemos examinar por que você quer para. O que você ganha ao permitir que o vilão tenha todas as classes de personagens, conforme necessário?
Tornando o disfarce mais convincente
Uma razão óbvia para fazer isso: você quer que o vilão final seja, por exemplo, um mago, mas o NPC a ser substituído é um lutador. Você quer que o vilão não se entregue, tendo poucos pontos de vida e perdendo alvos fáceis, ou sendo incapaz de usar as armas certas.
Isso tem uma enorme desvantagem - os jogadores sentirão, corretamente, que você trapaceou. Ao dar as habilidades que eles não deveriam ter, você está removendo artificialmente a chance de descobrir que algo estava errado.
Em vez disso, você pode ajustar a classe real para combinar com o falso mais de perto (clérigo em vez de assistente). Ou tem um vilão que veio Bem preparado. Existem muitos feitiços e itens que um assistente pode usar para fechar a lacuna com um lutador - faça uma pergunta aqui (ou no chat) para obter alguns exemplos de como.
Criando um vilão mais flexível
Talvez você sinta que ele precisa de uma gama maior de habilidades para fazer o enredo e os encontros pós-descoberta funcionarem. Talvez você precise de magia divina para um encontro e itens mágicos para um de seus planos malignos.
Nesse caso, não dê a ele mais classes de personagens - dê a ele aliados. Um cambiaformas malignos pode convencer, subornar ou enganar uma variedade incrível de pessoas em seu auxílio. Dê a ele aliados que podem fazer tudo o que você precisa. Isso tem o mesmo efeito de enredo que as classes extras de personagens, com um bônus extra - agora você tem vilões intermediários para os jogadores duelarem até a morte, e aliados enganados que precisam ser conquistados de volta ao seu lado. Dá aos jogadores coisas para fazer.
Tornando seu vilão mais incrível
Se essa é sua motivação, então apenas não faça isso. A razão pela qual é ótimo ter vilões incríveis é porque melhora o enredo e torna os personagens mais incríveis por lutar contra eles. O objetivo do seu vilão é dar a seus heróis coisas legais para fazer.
Mas isso só funciona se ele encontrar os heróis nos mesmos termos. Não até termos - ele é um vilão; ele vai trapacear se puder. Mas ele deve viver no mesmo universo, nas mesmas regras. Caso contrário, ele deixa de ser um vilão e se torna um desastre natural inevitável, como um tornado - algo que eles não conseguem entender e lidar, apenas suportam.
Seu vilão não é seu personagem. Os jogadores sempre sentirão o desejo de tornar seu personagem favorito mais poderoso; um GM deve resistir a essa tentação. A vilania impressionante vem de sua personalidade e planos, não da variedade de habilidades de classe.
Se você fizer isso direito, será a traição e a surpresa que eles se lembram. Jogue com isso. Torne-o charmoso, inteligente e capaz de planejar com antecedência. (Certifique-se de que ele tenha uma maneira mágica de escapar quando descoberto pela primeira vez.) Eles estarão conversando sobre isso por anos.
Tema de plotagem
A melhor razão para quebrar uma regra é se a quebra da regra é, por si só, parte de sua trama. Talvez um elemento importante da trama seja que ele seja surpreendentemente capaz de mudar de classe - porque ele é um agente avançado de um poderoso deus do caos que quer mudar as regras ou abolir completamente as classes. Talvez ele seja o messias destinado a todos os shifters, capaz de mudar para se tornar alguém completamente com todas as suas habilidades.
Se você é utilização o poder do seu enredo, você pode fazer isso. Certifique-se de que há dicas sobre a fonte e as razões de seu poder único. Feito corretamente, isso poderia criar um vilão verdadeiramente épico. (Certifique-se de que ele também tenha alguma grande fraqueza, ou ele será realmente imbatível - mudar de classe sob demanda é uma ridiculamente capacidade poderosa.)