Desde que o efeito seja projetado a partir do lançador invisível, sim
Maior invisibilidade afirma:
Anything the target is wearing or carrying is invisible as long as it is on the target's person.
Quando você lança um feitiço que projeta um efeito (como bola de fogo or relâmpago) você não está usando ou carregando o efeito e esse efeito certamente não está na pessoa do lançador. Isso significa que o efeito se torna visível quando o lançador o lança. E como agora você pode ver o efeito, o senso de perigo se aplica.
No entanto, se o efeito não for projetado do lançador, e o Mestre determinar que o efeito cumpre o requisito acima, o senso de perigo não se aplicaria, pois o efeito mágico seria invisível. Eu nunca vi um feitiço combinar com maior invisibilidade dessa maneira embora.